С всяка изминала година медицинското обслужване в затворите започва да се откроява като все по-сериозен проблем. Индикатор за това е и постоянно нарастващият брой на жалбите от затворници по повод на обема и качеството на медицинските грижи. Причините за това отново са в липсата на средства, както и в недостига на медицински персонал. В повечето от затворите медицинските лица работят на граждански договори. Това отчита годишният доклад на Българския хелзинкски комитет (БХК).
Според данните на Главна дирекция "Изпълнение на наказанията", предоставени от БХК, към края на 2016 г. в два от арестите в гр. Добрич и Монтана няма назначено медицинско лице. Само в няколко от арестите медицинското лице е лекар. Всички останали арести се обслужват от фелдшери. 

Медицинското обслужване на лишените от свобода е изолирано от системата на националното здравеопазване като администриране, отчетност, превенция, профилактика и материален стандарт. Все още няма механизъм за независим контрол върху медицинските дейности и санитарно-хигиенните условия. 

Друг сериозен проблем на арестите и затворите продължава да е липсата на санитарни възли в килиите. Според същия доклад само девет от арестите, които не са на територията на затворите, имат тоалетни в килиите. Другите 19 ареста нямат тоалетни и достъпът до общия санитарен възел се осигурява в зависимост от желанието и възможността на служителите да отварят всяка от килиите при тропане по вратата, за да придружат задържаното лице до тоалетната.

В периода ноември 2016 г. – февруари 2017 г. екип на БХК проведе поредно голямо анкетно проучване сред 1357 лишени от свобода от всички затвори и затворнически общежития в България, чиито досъдебни производства са започнали след януари 2015 г. Подобно изследване бе проведено през май – юни 2015 г. Една от основните цели и на двете изследвания бе да се установят мащабите на употреба на физическа сила от полицейски служители спрямо задържаните по време на техния арест и последвалото задържане, както и да се установят зависимостите на употребата на сила от различни фактори.

Според резултатите от изследването 34% от всички затворници съобщават, че спрямо тях е била употребявана сила или по време на задържането, или вътре в полицейското управление. За сравнение, в изследването през 2015 г. този дял е 32.8%. Тези, които съобщават за употреба на сила вътре в полицейското управление (24%), са повече от тези, които съобщават за употреба на физическа сила по време на задържането (19.4%). Съответните дялове са по-високи от тези от изследването през 2015 г.: в първия случай с 2%, а във втория случай с 4%.

Изследването показва и ясна зависимост на употребата на сила от наличието на адвокат по време на досъдебното производство. Тези лишени от свобода, които не са имали адвокат или през цялото време, или не от самото начало на досъдебното производство, съобщават за употреба на сила както по време на задържането, така и вътре в полицейското управление повече от два пъти по-често отколкото тези, които са имали адвокат от самото му начало.