На 23 септември 1947 г. около 00,15 ч след полунощ е изпълнена смъртната присъда на земеделския водач Никола Петков. Според решението на Народния съд врагът на отечеството трябва да бъде умъртвен чрез обесване, но разсекретени архивни документи от зловещата 1947 показват, че големият демократ е убит зверски с чукове по главата, а след това провесен на въже.

С убийството на земеделския водач България повежда в една черна класация – само за 40 години в една българска фамилия заради политика са убити бащата и двамата му сина. Заради партийните си пристрастия загиват либералът, съратник на Стамболов и министър-председател Димитър Петков, а след това и синовете му - земеделците Петко и Никола.

Никола Петков обаче се оказва враг на два режима - на Борис III и на комунистическата власт, олицетворявана тогава от Георги Димитров.

От 5 до 16 август 1947 г. се провежда съдебният процес срещу водача на демократичната опозиция Никола Петков.

Ликвидирането на Никола Петков е част от унищожаването на политическата опозиция в България, наредено на българските комунисти от съветския диктатор Сталин през 1946 г. Това коментира сайтът Държавна сигурност.

На 5 юни 1947 г. лидерът на обединената опозиция е арестуван в самия парламент, а опозиционният БЗНС, на който е лидер, е разтурен. Никола Петков е обвинен, че е организатор на военната конспирация „Неутрален офицер” и в подкрепа на Военен съюз. Поставената под комунистически контрол прокуратура му приписва създаването на организация, поставила си за цел да събори властта чрез въоръжен преврат.

Преди ареста лидерът на опозицията и лидерът на комунистите Георги Димитров влизат в словесна престрелка. Петков заявява, че ако е бил такъв голям реакционер Георги Димитров е нямало да го търси от Москва, за да влезе в Отечествения фронт. Димитров злобно отговаря, че земеделецът ще получи това, което заслужава. Никола Петков му отвръща, че „с мъст не се управлява”, след което е арестуван заедно с голям брой от депутатите опозиционери (изборът на 23 депутати е касиран).

Никола Петков е подложен на следствие от Държавна сигурност, а в началото на август 1947 г. срещу него започва монтиран политически процес, режисиран по подобие на сталиновите „процеси” в СССР. Обвинен е в шпионаж и организиране на преврат и е признат за виновен. Осъден е на смърт чрез обесване.

На 19 септември Държавният департамент на САЩ информира София, че предстои дипломатическо признаване на НРБ, настоявайки да се отмени смъртната присъда на Никола Петков.

Георги Димитров обаче определя подобна евентуална отстъпка за проява на слабост от страна на режима. След като получава одобрението на Сталин, настоява за бързо изпълнение на присъдата.

Смъртната присъда е изпълнена на 23 септември 1947 г. (72 часа след искането на САЩ). Комунистите не позволяват да бъде организирано публично погребение. И до днес не се знае къде е гробът му.

След краха на тоталитарното комунистическо управление през 1989 г. в градинската пред храма „Свети Седмочисленици” е изграден паметник на Никола Петков.

През януари 2017 г. по предложение на второто правителство на Борисов (ГЕРБ и Реформаторски блок) президентът Росен Плевнелиев удостои посмъртно Никола Петков с орден „Стара планина” – I степен за приноса му в борбата против комунистическата диктатура и за изключителната си гражданска позиция и противопоставяне срещу налагането на комунистическия тоталитарен режим.