През 2006 г. Стоилов класира „Левски“ в групите на Шампионската лига, с което „сините“ станаха първият български тим в тази фаза на турнира. Тимът на Мъри се падна в група с Челси, Вердер и тогавашният носител на купата от турнира Барселона. „Левски“ записа шест загуби и голова разлика 1:17.
Полузащитникът на ЦСКА (Москва) Георги Миланов пък ще срещне ПСВ Айндховен, Манчестър Юнайтед и Волфсбург в груповата фаза.
Бившият треньор на "Левски" Славиша Йоканович попадна със своя Макаби (Тел Авив) в група "G" заедно с Челси, Порто и Динамо Киев.
| ГРУПА "A" | ГРУПА "B" |
1. ПСЖ |
1. ПСВ Айндховен |
2. Реал (Мадрид) |
2. Манчестър Юнайтед |
3. Шахтьор (Донецк) |
3. ЦСКА (М) (Георги Миланов) |
4.  Малмьо |
4. Волфсбург |
| ГРУПА "C" | ГРУПА "D" |
1. Бенфика |
1. Ювентус |
2. Атлетико (Мадрид) |
2. Манчестър Сити |
3. Галатасарай |
3. Севиля |
4.  Астана (Станимир Стоилов) |
4. Борусия (М) |
| ГРУПА "Е" | ГРУПА "F" |
1. Барселона |
1. Байерн (М) |
2. Байер Леверкузен |
2. Арсенал |
3. Рома |
3. Олимпиакос |
4.  БАТЕ Борисов |
4. Динамо (Загреб) |
| ГРУПА "G" | ГРУПА "H" |
1. Челси |
1. Зенит |
2. Порто |
2.  Валенсия |
3. Динамо (Киев) |
3. Лион |
4. Макаби (Тел Авив) |
4. Гент |
