| ДВУБОЙ | ПЪРВИ МАЧ | РЕВАНШ |
|---|---|---|
| Викингур (Фар) - Гомел (Блрс) | 0:6 | 0:4 |
| Шкендия (Мак) - Портадаун (СИрл) | 0:0 | 1:2 |
| Хазар (Ленкоран, Азер) - Номе Калю (Ест) | 2:2 | 2:0 |
| Ягодина (Сър) - Ордабаси (Каз) | 0:1 | 0:0 |
| Транс Нарва (Ест) - Интер (Баку, Азер) | 0:5 | 0:2 |
| КУПС (Куопио, Фин) - Ланели (Уелс) | 2:1 | 1:1 |
| Ренова (Мак) - Либертас (СМар) | 4:0 | 4:0 |
| Рудар (Чгора) - Ширак (Арм) | 0:1 | 1:1 |
| Левадия (Ест) - Шяуляй (Лит) | 1:0 | 1:2 |
| Пюник (Арм) - Зета (Чгора) | 0:3 | 2:1 |
| ДжДжК Юваскила (Фин) - Стабек (Нор) | 2:0 | 2:3 |
| Елфсборг (Шв) - Флориана (Мал) | 8:0 | 4:0 |
| Судува (Лит) - Даугава (Лат) | 0:1 | 3:2 |
| Диферданж (Люкс) - Рунавик (Фар) | 3:0 | 3:0 |
| Дачия (Мол) - Целе (Слвн) | 1:0 | 1:0 |
| Биркиркара (Мал) - Металург (Скопие, Мак) | 2:2 | 0:0 |
| ФК Баку (Азер) - Мура (Слвн) | 0:0 | 0:2 |
| Торпедо (Кутаиси, Гру) - Актобе (Каз) | 1:1 | 0:1 |
| Тирана (Алб) - Гревенмахер (Люкс) | 2:0 | 0:0 |
| ФК Санта Колома (Анд) - Осиек (Хър) | 0:1 | 1:3 |
| ФК Сараево (БиХ) - Хибърниънс (Мал) | 5:2 | 4:4 |
| Твенте (Хол) - УЕ Санта Колома (Анд) | 6:0 | 3:0 |
| Олимпия (Любляна, Слвн) - Жюнес (Люкс) | 3:0 | 3:0 |
| МТК (Унг) - Сеница (Слвк) | 1:1 | 1:2 |
| Лех (Познан, Пол) - Жетису (Каз) | 2:0 | 1:1 |
| ЕБ Стреймур (Фар) - Гандзасар (Арм) | 3:1 | 0:2 |
| Фламуртари (Алб) - Хонвед (Унг) | 0:1 | 0:2 |
| Ла Фиорита (СМар) - Металургс Лиепая (Лит) | 0:2 | 0:4 |
| Теута (Алб) - Металурги Рустави (Гру) | 0:3 | 1:6 |
| Сефн Друидс (Уелс) - МиПа (Фин) | 0:0 | 0:5 |
| Клифтънвил (СИрл) - Калмар (Шв) | 1:0 | 0:4 |
| Бангор Сити (Уелс) - Зимбру (Мол) | 0:0 | 1:2 |
| Сейнт Патрикс (Ейре) - Вестманея (Исл) | 1:0 | 1:2 |
| Бохемианс (Ейре) - Тор Акурейри (Исл) | 0:0 | 1:5 |
| Крусейдърс (СИрл) - Розенборг (Нор) | 0:3 | 0:1 |
| Борац (Баня Лука, Бих) - Челик (Чгора) | 2:2 | 1:1 |
| Хафнарфьордур (Исл) - Ешен-Маурен (Лих) | 2:1 | 1:0 |
Заб.: Първите мачове са на 3 и 5 юли, а реваншите на 10 и 12 юли 2012 г. На първо място е записан оборът, който е домакин в първата среща. Отборите, отбелязани с по-едър шрифт продължават напред.
