Няколко часа след като се съгласи да бъдат отворени досиетата на висшите духовници в ДС, Светият синод на Българската православна църква (БПЦ), прецени, че е сбъркал, взел е "прибързано решение" и застана на противоположно становище.
Промяната е била предизвикана от категоричното несъгласие на Неврокопския митрополит Натанаил - един от членовете на Светия синод. Той гневно обяви за неконституционни Закона за достъп и разкриване на документите и за обявяване на принадлежност на български граждани към Държавна сигурност и разузнавателните служби на Българската народна армия (приет от Народното събрание на 19 декември 2006 г.), както и дейността на Комисията по досиетата и разпространи своето несъгласие комисията да проверява клира.
Владиката твърди, че "нормата от закона, според която членовете на управителните органи на религиозните общности подлежат на проверка и разкриване на досиетата им, е противоконституционна и това е грубо нарушаване на отделеността на Църквата от държавата".
Обяснението му е, че "отговорното отношение по този толкова важен въпрос за институционалния авторитет на БПЦ, изискваше да изслушаме становището на юрист, който има професионална и задълбочена подготовка по статута на БПЦ".
Сегашното ново становище на Светия синод, последвало гнева на Неврокопския владика, е, че разпоредбите в Закона за досиетата са неприложими в този им вид спрямо вероизповеданията и в частност - спрямо Българската православна църква.
