Хераклея Синтика е един от най-значимите археологични комплекси в долината на Средна Струма, а най-ранните писмени сведения за района се срещат още в Омировите "Илиада" и "Одисея", книгите на Тукидид и Аристотел. Макар историческата информация от античността да е сравнително подробна, един от големите проблеми на съвременната наука е точната локализация на древните полиси.
През 1930 година селището се споменава за първи път в публикация, като се основават на сведения от Тит Ливий за нападенията на Филип V Македонски срещу крепостта Петра, обитавана от тракийското племе миди. През 1958 година след изследвания се решава че името на града е Петра, пише "Стандарт". 

Но едно откритие през 2002 г. променя нещата. В Исторически музей на Петрич е предадена масивна мраморна стрела с надпис на латински език, от който става ясно името на античния град - Хераклея Синтика.

Градът е бил населяван първоначално от тракийското племе синти, които дават и името му. Античният град, започнал да се разкрива при разкопките през 2007 година, се намира между село Рупите и едноименната местност, където легендарната пророчица Ванга приемаше посетители. Петричката пророчица винаги е твърдяла, че под Рупите е имало древен град, унищожен от природен катаклизъм. Преди да започнат разкопките, които води директорът НАИМ проф. Людмил Вагалински, античният град е обект на дръзки иманярски набези, но днес малко по-малко започва да разкрива тайните си.

Намиращият се в югозападния край на възвишението Кожух град е съществувал в продължение на десет века, от IV-ти век преди Христа до VI век след новата ера. През 340 г. пр. Христа го завладява бащата на Александър Македонски – Филип Втори.
Последната находка тук е корито на фонтан с три лъвски глави, от които изтичала вода. Едната от главите е отчупена. При разкопките са открити еротичен свещник, маска на Силен, сатирът на Дионис, статуетка на самия бог на виното, театрални маски и фигури, изработвани в съществувалата в античния град работилница. Всичките тези находки са датирани от III век. „При разкопките се стигна до пълно разкриване на гражданска базилика, която е функционирала през трети век, те са много редки, в страната няма друга така запазена Гражданска базилика. Тя е с много големи размери - 22 на 16 метра, запазената височина на стените й е 5 метра. Гражданите влизали през входа, а отпред – на президиума, заседавали градските първенци.

В един самоуправляващ се античен град като Хераклея Синтика има две степени на управление - от една страна народно събрание, в което влизат всички мъже, които имат граждански права, а отделно и градски съвет или „боле". Хората от народното събрание, за да влязат в „боле"-то плащат годишна сума. Според директора на Историческия музей в Петрич Сотир Иванов, откритите надписи свидетелстват, че са се пращали около 500 денарии за правото да участваш в „градския съвет". А самите градски съветници пък се избирали магистратите.

"Гражданската базилика е построена едновременно с частта с магазините и с този страхотен фонтан с лъвски глави, който открихме наскоро. Главите са толкова импресивни, че виждаме мъжката и женска глава, само горната част на фонтана тежи над 3 тона, размерът му е да на 2,5 на 1,5 метра", обяснява Иванов. „В Хераклея има един синтез на население - траки, македонци, гърци, келти, римляни, илири, които създава създава устойчиви граждански традиции", разказа още археологът. Според един надпис, магистрат Марк Аврелий-Котис, е управлявал Хераклея Синтика по времето на император Марк Аврелий Каракала. А Котис е тракийско име. Освен от пожари и нашествия, градът не е бил пощаден и от природни катаклизми. И най-вече от разрушителното земетресение през 383-388 година пр.Хр. За това свидетелства фактът, че всички стени са паднали в една посока - север-юг.

Хераклея Синтика е свързана и с драматични събития от края на древна Македония. Предпоследният македонски цар Филип Пети (221-179 пр. Хр.) имал имал двама сина. Персей отравя брат си Деметрий по време на религизоно тържество, страхувайки се, че може да стане цар вместо него, и в крайна сметка заема трона. Историята си отмъщава по свой начин - през 168 г. царството му завладяно от римляните. Според преданията, плененият Персей е измъчван жестоко - не му дават да спи, вследствие на което полудява, а накрая посечен с меч.

Петричани са уверени, че след пълното разкриване и социализиране, Херкалея Синтика ще се превърне в една изключително атрактивна туристическа дестинация. Предпоставки за това са нейната близост до магистралата за Гърция и местността Рупите, където е църквата на баба Ванга.