Преподобни Йоаникий бил роден в малоазийската област Витиния. Баща му се наричал Миритрикий, а майка му Анастасия. Йоаникий от младини бил възпитан в страх Божи. Още като малко момче, когато бил овчарче, той горял от желание да служи на Бога.

Отличавал се между своите връстници с добродетелите си - кротост, смирение, търпение и послушание. Имал голямо влечение към молитвата. Когато наближавало време за молитва, за да не мисли за стадото, той го благославял с кръстно знамение, отдалечавал се в гората на молитва и вечер, когато се завръщал при стадото си, намирал го събрано заедно невредимо. 

По време на иконобореца император Лъв Хазар (775-780 г.), син на Константин Копроним, Йоаникий бил взет във войската. Като войник служил прилежно. Бил страшен за враговете на империята и любим за своите другари заради кротостта и смирението си.

Но злият дух завидил на добродетелния му живот и го подмамил и увлякъл в иконоборческа ерес. Йоаникий станал съмишленик на иконоборците, които се обявявали против иконите и преследвали техните почитатели. Бог обаче, Който желае всички да се спасят, спасил и него от тая пагубна ерес.

Веднъж Йоаникий вървял с войската през планината Олимп. Изведнъж непознат нему монах, назовавайки го по име, започнал да го укорява за това, че се е присъединил към иконоборците. „О, чедо Йоаникнй, извикал той, как можеш ти, наричайки се християнин, да презираш изображенията на Христа, твоя Спасител?

Знай, че са суетни всички твои подвижническн трудове, щом не спазваш учението на православната вяра!" Като чул това." Йоаникий съзнал своята заблуда, разкаял се от сърце и останалото време от живота си посветил на иконопочитанието, като станал голям защитник на светите икони.

Не след дълго време започнала война между гърци и българи. Гърците били по-добре въоръжени и завзели Тракия. По време на тази война Йоаникий проявил изумителна храброст и с това обърнал върху себе си вниманието на самия цар, който наредил да бъде записано името му в специален списък за награждаване. Йоаникий не желаел почести.

При завършване на войната той пак минал през планината Олимп, спомнил си за монаха, който го изобличил за иконоборството, пожелал да остане там и постъпил в един от тамошните манастири. Тогава бил на 24 години и помолил преподобния игумен Григорий, мъж благочестив, да го благослови да живее като отшелник уединено.

Игуменът добре познавал лошите замисли на врага, затова го посъветвал да остане известно време в манастира, за да изучи монашеския ред, а след това да излезе в суровата пустиня. „Внимавай, чедо, рекъл му старецът, да не би да бъдеш прелъстен от дявола, защото който не може да го победи, бива победен от него".

Преподобни Йоаникий изпълнил отеческия съвет на игумена, останал в манастира и се предал на монашески подвизи. След това обходил няколко манастири, научил се да чете и пише, а подир това се заселил в пустинно място. Един овчар от съседните села му носел по малко храна. Йоаникий се подвизавал в пещера и пребъдвал в молитва.

Той имал за правило при четене на Давидовите псалми след всеки стих от псалома да вмъква една своя собствена молитва: „Упованието ми е Отец, прибежището ми е Син, а покровът Дух Светии. Света Троице, слава на Тебе!" Тази молитва и досега е известна като молитва на св. Йоаникий. Тя се чете в края на повечерието.

Още приживе Господ прославил своя угодник. Той го надарил с чудотворна сила, прозорливост и голяма мъдрост. Много благочестиви хора идвали при св. угодник, за да получат от него съвет и помощ, и всички си отивали доволни и радостни. Между многото посетители били и големите църковни светци Теодор Студит и цариградският патриарх Методий - и двамата пострадали от иконоборците.

Преподобни Йоаникий сочел на заблудилите се истинския път, изцерявал болните с името на Христа и извършвал много чудеса. През своя живот тоя свят подвижник обходил много манастири, построил няколко църкви и предсказал прекратяването на иконоборството. Починал около 834 г. на 94 години.