11 нарушения в документацията от Общото събрание на Медицинския университет в София, което избра проф. Виктор Златков за ректор, бяха констатирани от Звеното за вътрешен одит на МОН. Проверката беше разпоредена от вицепремиера и министър на образованието и науката в оставка Меглена Кунева на 6 октомври 2016 г. Това съобщиха от Министерство на образованието и науката.
Одиторите са установили, че в състава на Контролния съвет на МУ-София не е бил включен представител на Студентския съвет. Същият Контролен съвет е прехвърлил правомощията си като е изразявал становища по незаконосъобразността на действията и решенията на бившия ректор проф. Вихра Миланова, както и по отношение правото й да сключва и прекратява трудови договори. 

На проверяващите не е бил предоставен документ, че проф. Ваньо Митев е бил упълномощен от членовете на Академичния съвет да насрочи и ръководи заседанието на Общото събрание от 20 септември 2016 г. Проф. Митев е предал болничен лист за периода от 14 до 27 септември 2016 г. На ръководеното от него заседание Академичният съвет прекратява неправомерно дисциплинарно производство.

Друго нарушение е, че според Правилника за устройството и дейността на МУ-София, дейността на Академичния съвет се регламентира с приети от него вътрешни правила. Одиторите са били уведомени писмено, че такива правила не са били изготвяни. Пак според Правилника за устройството и дейността на МУ-София, заседанията на Общото събрание са публични, освен ако то не реши друго. В протокола от заседанието от 11 октовмри 2016 г. не е споменато заседанието да е закрито, но медии и външни лица не бяха допуснати. 

Общото събрание е гласувало състав и председател на изборна комисия, различни от определените от Академичния състав от 20 септември 2016 г. Не е спазено изискването 10 календарни дни преди Общото събрание в канцеларията на ректора на МУ-София да се депозират кандидатурите за ректор и да се предоставят на Комисията по кандидатурите. 

Одиторите на МОН са констатирали несъответствие между броя на присъстващите на Общото събрание по протокол и броя на регистриралите се изборните бюра. В доклада на Министерството е записано, че не може да се прецени доколко бюлетината за избор на нов ректор отговаря на изискванията от Правилника за устройството на университета, тъй като неин образец не е предоставен на проверяващите. Не е предоставена и информация къде и как са се съхранявали документите от заседанието на Общото събрание, както и кой е бил отговорен за съхранението.  

Проверяващите от Звеното за вътрешен одит към МОН са дали препоръки за подобряване на документацията от общите събрания на МУ-София. Като част от одита е била проверена и документацията по текущи и приключили процедури за придобиване на научни звания и за заемане на академични длъжности. Били са установени 5 нарушения, сред които ограничаване правата на докторанти извън МУ-София да кандидатстват за академичната длъжност „асистент“. 

Междувременно Министерство на образованието и науката спря процедурата по запор на сметките на висшето училище.